王小波曾形象地将这本书比作“不新的《万历十五年》”，而1587年的确是一个多面性质的历史时刻，既蕴含深远影响，又可能被视为平淡无奇。正是在这个关键时期，中国封建王朝体制经历了重要的转折。
传统上对明史的叙述往往强调“税重民穷”的命题，但黄仁宇提出了不同的观点，他认为国家赋税过重并非民穷之根源，而是法律与政府能力不足所致。在两千年的中国历史中，以道德取代法制达到顶峰的是明代，而黄仁宇通过撰写《万历十五年》，旨在阐释这一观点。
在明朝万历年间，这些政治家如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，都以悲剧收场。即使是万历帝，在这种官僚集团体制下，也只能采取守成政策。这一体系内生出的惯性导致了一种集体性的悲哀。每个人都有其独特之处，发光又试图进行改革，但最终失败，大部分人遭受革职或入狱的命运。一群文官为了维护整个集团的稳定，使得国家武备、科技进步和商业发展都陷入停滞状态。文官集团的统治无疑为大明帝国开启了不幸的一章，加上宦官集团夺权，更是加速了大明王朝衰败。
从历史角度看，万历十五年实则平凡，却隐藏着许多容易被忽视的小事件，它们虽显得微不足道，却也揭示了前事后果以及未来的变局。这些因果关系恰恰成为探讨历史重点的地方。在《万历十五年》中，通过分析几个关键人物，我们可以窥见那个腐朽帝国末日的情景，最终这些帝王将相都化作尘埃。
尽管对中国以道德代替法律的问题，《万历十五年》已经进行了透彻批判——道德绝非完美，无法取代技术，更无法替代法律。他指出，明朝特征在于依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透到了帝国各个层面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的程度。
而就在1587年的某一刻，不可逆转地，一段时间里东方与西方之间差距开始拉开。而西方世界正在崛起，而东方世界则走向衰落。这一年标志着一种时代结束，同时也是另一个时代开始的时候！