王小波曾形象地将这本书比作“不新的《万历十五年》”，正如1587年的明朝，既有决定性的转折，也可能被视为平淡无奇的一年。然而，这一年恰是中国封建制度发展的重要节点。
过去的历史叙述往往以“税重民穷”来概括明代，但黄仁宇则认为国家赋税过重并非民穷之因，而在于法律和政府效能不足。两千年来，以道德取代法制的情况，在明代达到了顶峰，他写作《万历十五年》的初衷，便是要强调这一点。
万历时期的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，都以悲剧收场。即使万历帝自己也只能采取观望态度，由此可见体制惯性所带来的悲哀。这群文官尽管各具特色，尝试改革，却最终失败，大多数人遭遇革职或入狱。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技进步及商业发展陷入停滞。而文官与宦官集团的斗争，不仅破坏了大明政局，还致使王朝走向衰败。
在历史长河中，万历十五年不过是一段平凡岁月，只是在这一年里，有若干事件悄然发生，它们看似不起眼，却隐含着前事后果之间复杂纠葛，是未来动荡之源也是波澜壮阔机缘。这些关系因果交织，便构成了历史学家探索重点。在《万历十五年》中，通过对关键人物描绘，我们看到了这个帝国末日的悲剧命运，最终历史覆盖了这些帝王将相。
虽然黄仁宇在书中深刻批判了中国以道德代替法律的做法——道德远非完美，不足以替代技术，更不能替换法律。他认为，明朝特征便是依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透至帝国每个角落，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一刻开始，即1587年的万历十五年，一线天与西方帝国间差距越发显著！西方崛起东方沉沦，那些不可逆转的大变动，就此展开……