王小波曾形象地将这本书比作“不新的《万历十五年》”，正如1587年的明朝，既有决定性的转折，也可能被视为平淡无奇的一年。然而，这一年却是中国封建王朝发展过程中的一个关键时期。
在过去的明史叙述中，“税重民穷”成为了常见议题，但黄仁宇提出，这种贫困的根源并不在于国家过度赋税，而在于法律和政府的效率问题。两千多年的中国历史，道德取代法制的现象，在明代达到极致，而黄仁宇通过撰写《万历十五年》，旨在阐述这一观点。
万历时期的大臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们都以悲剧收场。这不仅反映了强大的体制惯性所带来的悲哀，也揭示了文官集团对国家进步的阻碍。在这样的环境下，即便是试图进行改革的人也难逃革职或入狱之灾。文官们为了维护集团利益，让国家武备、科技创新和商业发展停滞不前。而文官与宦官之间权力的争夺，使得大明帝国走向衰败。
从历史角度看，万历十五年并非特别显赫，只不过这一年里发生了一系列容易被忽视的小事件。但这些事件，却是之前大事发生的一个重要原因，同时也是未来会引发巨大波澜的机遇。它们之间错综复杂的情节关系，是历史研究的重点。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的描绘，我们看到这个即将崩溃帝国的悲剧命运，以及最终如何让这些帝王将相化为泡影。
尽管黄仁宇已经在《万历十五年》中深刻批评了中国以道德替代法律的问题——道德远非完美，不足以替代技术，更不能替代法律。他认为，明朝特有的特征是在于依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透到了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一刻起，即万历十五年的开始，一直到现在，一线天与西方世界间不断扩大的差距似乎不可逆转。西方正在崛起，而东方则渐渐落后！