王小波曾形象地将这本书比作“不新的《万历十五年》”，正如1587年的明朝，既有决定性的转折，也可能被视为平淡无奇的一年。然而，这一年却是中国封建王朝发展过程中的一个关键时期。
在过去的明史叙述中，“税重民穷”成为了常见议题，但黄仁宇提出，这种贫困的根源并不在于国家过度赋税，而在于法律和政府的效率问题。两千多年的中国历史中，以道德取代法制到了明代达到极点，而黄仁宇通过《万历十五年》试图揭示这一观点。
这一时期的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们都以悲剧收场。即使是万历帝，在这样的体制下只能采取守守权威而非主动改革。此景所反映出的，便是一种强大的体制惯性带来的悲哀。在这个集团统治之下，武备革新、科技进步和商业发展都陷入停滞。文官集团对国家造成了不幸，并且与宦官集团争夺权力加剧了大明王朝的衰败。
从历史角度看，万历十五年只是平凡的一年，却隐藏着许多容易被忽视的小事件，它们似乎微不足道，但实际上却是引发更大波澜的原因。这一系列因果关系，是我们探索历史真相不可或缺的一部分。在《万历十五年》中，通过分析几个关键人物，我们得以窥见那个落寞帝国命运的悲剧脉络。
尽管批评了中国依赖意识形态而非法律的问题，黄仁宇认为这种做法无法替代技术，更不能替代法律。他指出，明朝特征之一便是在“依靠意识形态作为统治手段;意识形态渗透到帝国各个方面，无论其强度还是广度，都达到了前所未有的程度。”
自从那一年起，不可逆转地，一条分水岭出现了——东方帝国开始走向衰落，而西方帝国则迎来了崛起。这本书，就像是一个时间胶囊，将这些深刻变化永久固定下来，为后人提供了一面镜子去审视往昔。