王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得谈论的地方。然而，它正是中国封建王朝发展的一个非常重要的时期。
过去关于明史的叙述几乎都提到了“税重民穷”的问题，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而是在于法律和政府管理上的低效。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就是要说明这一观点。
在万历年的重臣中，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都各有特点，努力想要改革，但最终大多数人遭遇革职或入狱这样的下场。一群文官为了维护整个集团的利益，使得国家的武备、科技创新和商业发展都陷入停滞。文官集团对国家造成的一系列不幸，是他们统治带来的悲哀。而文官与宦官之间权力的斗争，更是加速了大明王朝走向衰败。
在历史上，万历十五年的确是一年平常无奇，只不过这一年里，有若干看似不起眼的小事件，却实际上都是导致后续大事发生的问题也是将来会引发动荡的契机。这一系列因果关系恰恰是历史学家关注的重点。在《万历十五年》中，通过描述几个关键人物，我们可以看到这个即将崩溃的大明朝命运悲剧的情形，最终这些帝王将相所做出的选择被时间抹去。
虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了以道德代替法律这种现象——道德并非无能，不足以取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝之所以特殊，就在于它依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到前所未有的水平。
从那以后，一切开始变化！西方帝国正在崛起，而东方帝国却开始衰落！